Chính phủ mới chưa có vị thế vững chắc, và tin đồn về âm mưu chống cộng đã được lan truyền. Năm 1922, Bodoo, Chagdarjav, Da Lama Puntsagdorj và những người khác bị hành quyết với lý do họ cộng tác với các kẻ thù bên trong và bên ngoài của chính phủ mới. Đầu năm 1923, giữa lúc có những nghi ngờ chính thức về một cuộc đảo chính do Tsagaan Sar lên kế hoạch, trạng thái cảnh giác đã khiến Sükhbaatar kiệt sức. Ông suy nhược vào đêm ngày 14/15 tháng 2, và qua đời ngày 20 tháng 2. Trong thập kỉ 1940 dưới sự chế độ của Choibalsan, Sükhbaatar được khẳng định là chết do nhiễm độc, nhưng sau đó các sách báo cộng sản không thể đi đến thống nhất về nguyên nhân cái chết.

Thủ đô Mông Cổ được đổi tên thành Ulaanbaatar ("Anh hùng Đỏ") năm 1924. Năm 1954, người ta đã bốc huyệt tại phần mộ của ông ở Altan Ölgii và đem đi cải táng tại bảo tàng tại quảng trường Sükhbaatar. Khi bảo tàng bị phá hủy vào năm 2005, ông được hóa thiêu và tro lại được chôn tại Altan Ölgii một lần nữa.[1] Việc hỏa thiêu tro cốt của ông do các nhà sư Phật giáo giám hộ.

Bà quả phụ của Sükhbaatar, Yanjmaa từng giữ một số vị trí quan trọng trong chính quyền Mông Cổ, bao gồm quyền Tổng thống.

Một bức tượng của Sükhbaatar đặt tại quảng trường Sükhbaatar Square trước mặt tòa nhà chính phủ tại Ulaanbaatar ngày nay. Các địa điểm khác được đặt theo tên của Sükhbaatar gồm Tỉnh Sükhbaatar, tỉnh lị tỉnh Selenge, và một quận thuộc Ulaanbaatar. Ngân hàng Mông Cổ in hình ảnh Sükhbaatar lên những tờ từ 5 đến 100 Tögrög (loạt năm 1993), các mệnh giá cao hơn thể hiện chân dung của Thành Cát Tư Hãn.[2].